一、在说价格差异之前，您需要先了解一下两地书号的异同。
先说“同”。在本质上，并没有“香港书号”和“内地书号”的称谓，它们统一正确的称谓应该是：国际标准书号ISBN。国际标准书号（International Standard Book Number）简称ISBN，是国际通用的图书或独立出版物（除定期出版的期刊）代码。出版社可以通过国际标准书号清晰地辨认所有非期刊书籍。一个国际标准书号只有一个或一份相应的出版物与之对应。全球大部分国家和地区（包括中国大陆及港澳台）统一执行国际标准书号的相关管理规定。也就是说，大陆和香港执行的书号规定是同一标准，性质相同。
然后说“异”。“异”主要体现在两地政府管理、批复原则上。
“内地书号”在下发使用前，需执行CIP（图书在版编目）原则，此为一项于出版前设立的图书管理编目系统，其本意在于统一分类标准，方便各个图书馆对图书进行分类管理。但“于出版前设立”的特性，决定了只能由官方强制设立统一标准，并集中控制所有图书的出版，符合其各方面的要求才准予出版。一般流程是内地出版社向新闻出版总署申报选题，然后对作者的书稿层层审核，全面通过后，方能将书号批复给出版社用于该书的出版。
“香港书号”由香港特区政府单位康乐及文化事务署批复。一般流程是香港出版社提出申请，康乐及文化事务署先将书号批复给出版社，出版社再按照一书一号相对应的原则，将书号配发给提出申请书号的作者用以出版图书。图书出版后，出版社再向康乐及文化事务署呈缴每本书的5-10本用于备案，然后康乐及文化事务署完成图书出版在册登记的备案手续。
综上所述，两地书号同宗同源，本身性质无差别。不同之处在于两地的书号管理和出版制度的不同：内地是先审稿，通过后方可备案出版；香港是出版社内部审稿，出版后再备案。
因此，两地书号的费用不同，究其原因，主要也是由于书号管理和出版制度（出版流程顺序）的影响，这是其一。
二、香港书号和大陆书号的申请周期差异。这是影响价格的另一主要因素。
众所周知，内地书号是被严格管控的，它不像普通商品有钱随便能买，必须按照新闻出版总署的要求提交所需材料、证件，经过层层审核后才会下发书号。
申请内地书号：需要出版社将书籍选题资料提交到新闻总署申报CIP，然后层层审批，书号从申报开始到新闻总署批复书号，30个工作日是保守时间。30天是新闻总署官方公布的书号申请时间。而事实上，加上休息日需要45天左右，因为要将周六日、节假日算在内。以上是一般算法，另外还有其他因素影响申请时间，普遍两到三个月是很正常的，甚至六个月或六个月以上的也很多。总之，申请书号的过程中出现任何问题，不论是作者、出版社的还是官方的，或者政策方面的，都会拖延书号申请时间。
另外影响书号申请时长的因素还有很多，其中有作品类别、题材、内容的关系。例如民族、宗教、政治、历史、地理以及涉港澳台、涉疆藏等性质特别的内容审核会非常慢，因为这些内容必须相关专家审核，用时非常长。再如医学类书籍，国家相关法律规定医学类书籍的作者必须具备医师资格或是相关从业者，所以不但需要医学专家审核书稿，还要对作者的身份进行核实，即便书稿过审了，作者身份不符也很难出版。所以，书号申请周期的长短与书籍内容、作者自身情况都有直接关系。
申请香港书号：香港书号的申请、批复、应用规则是：出版社向康乐及文化事务署提出申请→康乐及文化事务署书刊注册组根据出版社的信用、规模批复书号→出版社领取到书号批复文件及当批书号→有作者、团体、单位提出出书申请时，出版社内部审稿给予出版意见，同意出版的，根据社内出版任务的安排配发书号。周期3天-15天。书稿的类别、题材、篇幅影响审稿的时间，也就影响书号配发时间。虽没有内地审核条件严苛、环节繁多，但为保证书稿质量，还是要进行正常审稿，一般时间差别主要在于书稿篇幅，比如5万字肯定比20万字审稿时间短。
在制度上香港出版比内地宽松很多，所以申请香港书号，程序相对来说就要简洁得多。因为出版社已提前向康乐及文化事务署申请到了书号。合同签订后，出版社内部审核书稿，核实无明令禁止的内容即通过审核并配发书号，程序简单快捷，不像内地申请书号那样环节多、周期长以致成本过高，也不要求作者身份必须与作品的专业性相匹配。正因为各方面、各环节的简单快捷，所需成本也相较内地少很多，最大特点就是自由、快捷、费用低，所以选择香港出书的作者越来越多。
综上所述，两地的书号申请周期、所需费用的不同，主要还是由于两地出版制度的不同
内地书号因国家管控严格，所以申请周期长、要求高、环节多，导致书号申请费用昂贵。
香港实行“先出版后备案”出版政策，书号申请手续相对简单，流程与内地相反，所以省去了内地诸多环节消耗的人力、物力、财力以及时间成本，书号申请费用比之内地低很多。
